Setelah melakukan pembebasan tanah di sekitar Kompleks UNSOED, pembangunan Masjid Fatimatuzzahra dimulai dengan beberapa tahapan :
1. Pembangunan Tahap I
Masjid Fatimatuzzahra sebagai bangunan induk dimulai tahun 1992. Pada tahapan pertama ini yang diperuntukkan untuk Masjid sebagai bangunan induk selesai pada tahun 1994 dan diresmikan pada tanggal 3 Desember 1994 dengan luas bangunan 1.800 m2 berkapasitas 2.500 orang dengan 2 lantai. Lantai I dengan luas bangunan 1.089 m2 dengan ukuran 33 x 33 m sedangkan untuk lantai II 711 m2.
2. Pembangunan Tahap II
Pembangunan tahap II difokuskan pada bangunan pendukung, yaitu Gedung Serba Guna. Bangunan serba guna ini terletak disebelah barat laut Masjid Fatimatuzzahra yang selesai dibangun pada tahun 2000 dengan luas 640 m2 dan memiliki 2 lantai.
Adapun pemanfaatan gedung serba guna, antara lain :
a. Lantai I
- Poliklinik
- Mini Market
- SATSA (Pusat Pengembangan Bahasa Asing)
- Pemancar Radio
- Ruang Tamu
b. Lantai II
- Ruang Sekretariat
- BKAM (Bina Keluarga Anak dan Muallaf)
- LAZIS (Lembaga Amil Zakat, Infaq dan Shodaqoh)
- MTC (Mafaza Training Center)
- Ruang Perpustakaan
- Gudang
Selain itu, dibangun juga :
1. Rumah Imam
2. Perumahan Ustadz
3. Pesantren Mahasiswa
4. Tempat tinggal untuk Pegawai Masjid
